নবসৃষ্ট এ প্রতিষ্ঠানটিকে নদী সংশ্লিষ্ট মন্ত্রণালয়, সংস্থা, দপ্তর এর সাথে পরিচিত করার মাধ্যমে কমিশন “সমন্বয় সেতু বন্ধন” সৃষ্টিতে ব্রতী হয়েছে। এজন্য কমিশনের চেয়ারম্যান ও সার্বক্ষণিক সদস্য যৌথভাবে সংশ্লিষ্ট মন্ত্রণালয়, বিভাগ, সংস্থা, দপ্তর/প্রতিষ্ঠানের প্রধান ব্যক্তিদের সাথে সাক্ষাৎ, মত বিনিময়ের মাধ্যমে, নদী রক্ষা কার্যে উদ্বুদ্ধকরণ কার্যক্রম গ্রহণ করেছে।

জাতীয় নদী কমিশন আইনের 12 (ক) ধারা অনুযায়ী সমন্বয় সাধনের লক্ষ্যে সকল মন্ত্রণালয়, বিভাগ এর মাননীয় মন্ত্রী/প্রতিমন্ত্রী/উপমন্ত্রীকে নদী কমিশনের গঠন, কার্যক্রম ইত্যাদি বিষয়ে অবহিত করে সার্বিক সহযোগিতা প্রদানের অনুরোধ করে অনানুষ্ঠানিক পত্র দেয়া হয়েছে। কমিশনের সাংগঠনিক কার্যক্রমে সক্ষমতা অর্জনের লক্ষ্যে সহায়ক সাপোর্ট প্রাপ্তির জন্য সংশ্লিষ্ট মন্ত্রণালয়ের সচিব ও দপ্তর প্রধানগণের সাথে সৌজন্য সাক্ষাৎ করা হয়েছে। নব প্রতিষ্ঠিত কমিশনকে দেশের অভ্যন্তরে ও আন্তর্জাতিক অঙ্গনে কাজ করার লক্ষ্যে ইআরডি ও পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের সহযোগিতা চাওয়া হয়েছে। স্বল্প মেয়াদী ও দীর্ঘমেয়াদী পরিকল্পনা প্রণয়নের সুপারিশ করার লক্ষ্যে সংশ্লিষ্ট সরকারী, আধাসরকারী এনজিও এর কর্মকর্তাদের সাথে মত বিনিময় ও টেকনিক্যাল তথ্যাদি আলোচনা ও পর্যালোচনা করা হয়েছে।